В рамках CNBR_Open поговорят о молекулярной неврологии

16 декабря 2019

Очередной открытый семинар проекта Центра Нейробиологии и Нейрореабилитации в Сколково проведет профессор Гарварда Петр Харченко, который расскажет об активно развивающемся подходе — single cell transcriptomics, позволяющем заглянуть внутрь отдельных клеток разных тканей, узнать больше о том, как именно они работают и что происходит на молекулярном уровне при различных болезнях, в том числе мозга. Семинар пройдет 20 декабря и начнется в 14:00.

Анализы одноклеточной РНК все шире применяются в комплексных схемах исследований, которые включают измерения многих образцов, обычно охватывающих множество индивидуумов, состояний или тканей. Совместный анализ таких обширных и часто неоднородных коллекций образцов требует, чтобы был способ выявлять и отслеживать повторяющиеся субпопуляции клеток во всей коллекции, также эффективно изучать контрасты между образцами.

Петр Харченко и его коллеги разрабатывают сравнительные подходы для анализа схем исследования «случай-контроль», которые обычно используются, чтобы изучать воздействия заболеваний или лекарственных средств на конкретную ткань. Анализ начинается с установления вероятностного отображения — объединенного графа, соединяющего все клетки в коллекции.

Затем граф можно использовать для установления связи между образцами и для идентификации сообществ клеток, которые последовательно группируются по широким подмножествам собранных образцов. Контраст между ними затем формируется с точки зрения композиционных сдвигов между различными клеточными популяциями, сдвигами транскрипции в различных клеточных популяциях и изменчивостью уровня экспрессии внутри группы.

Методы анализа композиционных данных применяются в контексте иерархий типов клеток. Анализ экспрессии используется для выявления наиболее затронутых типов клеток и характеристик вероятной функциональной интерпретации специфичных для них изменений.

Лектор расскажет обо всем этом подробнее и проиллюстрирует применение этих методов в контексте различных исследований заболеваний человека, включая опухоли и патологии мозга.

Рабочий язык: английский.

Обязательная регистрация